4.2. Consanguinité et problème génétique
En matière d'extinction, elle est en quelques sorte la méthode douce. Elle agit sournoisement lorsque la population d'une espèce tombe à une petite centaine d'individus et que les croisements ne se font plus qu'entre parents. Les mutations néfastes se multiplient et finissent par causer la stérilité. En quelques générations, l'espèce atteinte dégénère et disparaît. Des tests de laboratoire effectués sur des drosophiles et des souris ont montré qu'en une centaine de générations le sort d'une espèce est réglé. Un tel phénomène est sans doute à l'origine de l'extinction progressive du Puma de Floride qui, bien qu'il soit protégé depuis 1958, ne remonte pas la pente et montre des signes de stérilité.
Cet ensemble de phénomène (perte de taille, diminution de la fécondité, extinction) est connu sous le nom de dépression due à la consanguinité. Elle est observée chez de nombreuses espèces animales, comme Mus musculus (voir figure 14)

Figure 14 : consanguinité par croisement entre frère et sœur chez Mus musculus.
Le caractère mesuré est le nombre de petits vivants à la première portée (Falconer, 1989)
Il paraît donc illusoire de recréer une espèce éteinte en sachant que l'on ne dispose souvent que du matériel génétique de quelques individus, parfois même un seul. La diversité du patrimoine génétique serait inexistante et empêcherait toute expansion de l'espèce. Des allèles défavorables se retrouveraient en fréquence importante et l'élasticité évolutive de l'espèce serait limitée. Une espèce affaiblie génétiquement ne peut pas faire face aux modifications du milieu.